그러나, 경찰이 이대목동병원 소속 의료진 4명에 대한 구속영장을 신청하였다는 언론보도와 관련해서는 유감을 표명했다.

병협은 "이미 해당 의료기관과 의료인들에 대한 충분한 조사가 이뤄졌고, 이번 사태로 인해 제도적 문제 또한 개선되어야 할 필요성이 제기되는 상황에서 해당 의료진의 구속영장 신청은 의료인들의 사기를 저하시키는 것"이라며, "법원에서 구속영장 발부 여부를 신중히 검토해 줄 것과 처벌에 앞서 재발방지를 위한 다양한 해법 모색이 우선되어야 한다"고 강조했다.